防化指挥专业主要学习以下课程：
军事思想概论：
学习军事思想的发展历程和基本原理。
核武器：
研究核武器的原理、技术及其在战争中的应用。
化学武器：
了解化学武器的种类、特性及其防护方法。
合同战术：
学习不同军兵种之间的协同作战战术。
军兵种知识：
掌握各军兵种的专业知识和技能。
核爆炸观测：
学习核爆炸的观测方法和设备。
核辐射监测：
掌握核辐射的监测技术和设备。
化学侦察技术：
学习化学侦察的方法和技能。
洗消技术：
掌握核生化污染物的洗消技术和方法。
化学防护技术：
学习化学防护措施和技术。
防化分队专业战术：
学习防化分队的战术运用和组织指挥。
防化分队教学法：
学习防化分队的教学方法和技巧。
防化分队管理学：
掌握防化分队的管理和领导方法。
军队基层政治工作：
学习军队基层政治工作的基本理论和方法。
防化单兵综合演练：
通过模拟演练提高防化单兵的综合能力。
此外，作战指挥专业（防化分队指挥）还会学习以下课程：
高等数学、 工程数学、 大学物理、 电工电子技术、 大学化学、 大学英语、 军事英语、 军事体育、 军事基本技能等基础课程。
防化指挥基本技能、 防化分队组训与管理、 联合作战基础知识、 合同战术、 核生化武器及其防护、 核生化防护装备基础等专业课程。
这些课程旨在培养学员掌握核化观测、化学与辐射侦察、洗消、化学防护等专业技术，以及防化分队专业战术，具备指挥防化分队遂行防化保障任务、组织训练、管理教育和做思想政治工作的基本能力。