是的，军校在招生时确实会分专业线，并且这些专业线通常对男女生有不同的要求。以下是一些关键点：
专业限制 ：很多军校专业只招男生，例如指挥类和非指挥类对视力要求不同，具体看所报类别。分数要求
理科男生至少要比控制线高95分，文科至少要比控制线高70分。
女生方面，文理科分数要求会更高，具体分数要求可以参照各省份的录取分数线。
录取分数线
以安徽和湖南省为例，理科男生最低分军校如空军工程大学为501分，而女生如空军预警学院为593分。
在其他省份，如江苏、宁夏、河南等，也有各自的录取分数线，男生和女生的分数线也有所不同。
政审和体检：
报考军校还需要通过政审、体检、面试和心理测试，有一项不合格都不行。
综上所述，军校在招生时不仅会分专业线，而且这些线会根据性别和省份有所不同。建议有意报考军校的考生提前了解并确认自己是否符合各个专业的具体要求，同时也要做好充分的准备，确保在政审、体检等环节中能够顺利通过。