参与北斗卫星导航系统研发的高校包括：

1. 国防科技大学

2. 北京航空航天大学

3. 北京理工大学

4. 哈尔滨工业大学

5. 武汉大学

6. 南京航空航天大学

7. 西北工业大学

8. 山东大学

9. 清华大学

这些高校在北斗系统的研发、建设、运行过程中都发挥了重要作用，并为系统的成功做出了显著贡献。